2019年，根据《中共福建省委办公厅  省政府办公厅印发〈福建省深化综合行政执法改革实施意见〉的通知》（闽委办发〔2019〕137号）精神，整合三明市交通综合行政执法支队、梅列区和三元区交通综合行政执法大队等市、区两级行政执法职责，组建三明市交通运输综合执法支队，为市交通运输局直属副处级事业单位。主要职责为受委托承担市辖区公路路政、道路运政、港政、航政、水路运政、地方海事行政、交通运输工程质量监督管理等行政执法和全市相关领域跨区域执法、重大案件查处，承担投诉举报受理，县级行政执法业务指导和执法协调工作。

　　支队内设陆路大队、路政大队、水路大队、工程监督站、办公室、人事教育科、财务科、案件审理科、科技装备科、安全监督科等10个正科级机构和2个副科级的一大队、二大队。支队先后荣获福建省第十二、十三、十四届省级文明单位，2016—2019年全省交通运输系统先进集体等荣誉。